Mustafa Baloğlu, 1 Ocak 1967'de Konya Akşehir'de doğdu. Babasının adı Kemal, annesinin adı Nuran'dır.
Tıp Doktoru; İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesini bitirdi. Taksim Eğitim ve Araştırma Hastanesinde genel cerrahi alanında uzmanlığını yaptı.Kütahya E-Tipi Cezaevi, Akşehir Devlet Hastanesi acil tabibi olarak görev yaptı. Etimesgut Devlet Hastanesi ve Akşehir Devlet Hastanesinde genel cerrahi uzmanı olarak çalıştı. Akşehir Devlet Hastanesi Baştabip Yardımcılığında ve Baştabipliğinde bulundu. 2004 ve 2009 seçimlerinde Akşehir Belediye Başkanı seçildi.
İyi düzeyde İngilizce bilen Baloğlu, evli ve 2 çocuk babasıdır.