Zeki Aygün, 22 Temmuz 1953'te Kocaeli Derince'de doğdu. Babasının adı Muhammet, annesinin adı Fatma'dır.
Elektrik Mühendisi; İstanbul Yıldız Teknik Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Elektrik Bölümünü bitirdi.Lüleburgaz Doysan Yağ Sanayi ile Düzce Timak Tarım Aletleri Fabrika inşaatlarında elektrik şantiye şefi ve yardımcılığı görevlerinde bulundu. 1979-1981 yılları arasında serbest elektrik mühendisi olarak çalıştı. 1981'de Ünka İnş. Tes. San. ve Tic. Ltd. Şirketini kurdu ve Yönetim Kurulu Başkanlığını yürüttü. 1996'da MÜSİAD üyesi oldu ve çeşitli görevler üstlendi.
Orta düzeyde İngilizce bilen Aygün, evli ve 3 çocuk babasıdır.